同仁医院现有中国工程院院士1名，北京学者3名，长江学者1名，享受政府特殊津贴专家11名，获、北京市突出贡献专家12名。作为首都医科大学第四临床医学院，医院承担着重要的教学任务。医院现有学位点28个，其中博士学位点13个。硕士生导师114人，博士生导师41人。拥有15个北京市住院医师培训基地。
改革开放以来，医院共获得省部级以上科技成果奖励138项，其中8项，获得国家自然科学基金资助项目253项。
医院设有眼底科、青光眼科、眼外伤科、白内障中心、视光中心、眼角膜科、眼肿瘤科、眼肌科、眼中医科、眼整形科、临床检查中心、中心防盲办公室、同仁眼库、北京市眼科研究所、耳科、鼻科、喉科、头颈外科、中心防聋办公室、北京市耳鼻咽喉科研究所、变态反应科、心内科、心外科、神经内科、消化内科、呼吸内科、肾内科、内分泌科、血液科、风湿免疫科、感染科等科室。
其中眼科、耳鼻咽喉科为原卫生部批准的国家临床重点专科，变态反应科为国家卫生和计划生育委员会批准的国家临床重点专科，中医眼科学为国家中医药管理局批准的中医重点学科。
青光眼科的临床诊疗技术长期居于国内水平，接近国际水平，这是我们多年来的特色，也是在学术界常年保持水平的重要基础。以恶性青光眼的诊断和为代表，在难治性青光眼的诊断和方面，始终处于国内水平，这方面的研究成果先后获得北京市科技进步二等奖和三等奖;在许多青光眼诊断技术的应用方面，青光眼科都走在国内同行的前列，比如应用二极管激光睫状体光凝技术各种难治性青光眼，应用激光小粱成型术早期开角型青光眼和残余性青光眼，青光眼白内障的联合手术，非穿通小粱切除手术，引流植入物手术、粘小管成型术、小梁消融术、全周小梁切开术先天性青光眼等。
近年来眼外伤专科在国内率先开展各种眼外伤、眼底病的诊治新技术，包括显微眼内窥镜下的视网膜脱离复位、眼内异物取出以及眼内窥镜睫状突光凝难治性青光眼等，为眼外伤患者提供了新的途径;包括23G、25G微创玻璃体视网膜手术，在“微创意识”引领下积极开展微创玻璃体视网膜手术，以小侵袭或损伤达到佳手术疗效。另外开展虹膜瞳孔损伤修复、带虹膜人工晶状体植入、巩膜层间人工晶状体固定、人工角膜镜下玻璃体手术联合角膜移植、各类儿童玻璃体视网膜病变的微创玻璃体手术、儿童复杂眼外伤的微创玻璃体手术、抗VEGF外伤性新生血管疾病等。